Maccagno liegt auf der lombardischen Ostseite des Lago Maggiore an der Mündung des Flusses Giona und am Ausgang des steil eingeschnittenen Veddasca Tales. In Jahrtausenden hat der Fluss Giona, der am Monte Tamaro in der Schweiz entspringt, dieses Tal geformt. An seiner Mündung hat sich im Laufe der Zeit ein Kegel aus Schwemmland gebildet, der wie ein Halbrund in den Lago Maggiore hineinragt und dadurch von früh morgens bis spät abends von der Sonne verwöhnt wird. Der geschichtsträchtige Ort entstand auf den beiden Hälften dieses Kegels: Nördlich des Flusses Maccagno Superiore und südlich, ca. 10 Meter tiefer gelegen, Maccagno Inferiore. Lange Zeit waren die zwei Gemeinden unabhängig voneinander und gingen auch politisch unterschiedliche Wege.

Maccagno ist verkehrsgünstig an der italienischen Staatsstraße SS394 gelegen. In ca. zehn Minuten erreicht man die Schweizer Grenze bei Zenna, in ca. 45 Minuten Bellinzona. Über das südlich gelegene Luino führt die Staatsstraße in ca. 45 Minuten in die Provinzhauptstadt Varese und nach Mailand.

Das Klima bleibt in den Uferzonen das ganze Jahr über mild. In den trockenen, sonnenreichen Wintern sinkt das Thermometer kaum unter null Grad. Frühjahr und Herbst bringen gelegentlich starke Regenfälle, während im relativ trockenen Sommer die Temperatur selten über 30 Grad steigt. Oft hüllen sich die Berge dann in eine Dunstschicht. An klaren Herbst- und Frühjahrstagen bietet sich dem Wanderer die schönste Aussicht auf die umliegenden Gebirgsmassive.